高邮市疾病预防控制中心于2004年1月成立，为副科级全民事业单位，其前身为高邮市防疫站、血防站，主要承担全市疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置，疫情及相关因素信息管理，监测检验与评价，应用研究与指导等相关职能工作。中心内设11个科室，分别为：办公室、应急办、急性传染病防制科、慢性传染性疾病防制科、慢性非传染性疾病防制科、血寄地病防制科、免疫规划科、综合卫生监测科、职业病防治科、检验科、质量管理信息科。中心有在职员工93人，其中专业技术人员85人。专业技术人员中，正高级技术职称5人、副高级技术职称13人、中级技术职称15人；高级职称占比21%，中级职称占比18%。；各种仪器设备 242台；业务用房6063平方米，其中检验用房3447平方米。先后通过江苏省计量认证、实验室资质认定评审、职业卫生技术服务机构和职业健康检查机构的续展评审、食品检验检测机构资质评审，被确定为健康相关产品检验检测机构、艾滋病抗体检测初筛实验室和基因扩增实验室。中心连续26年被表彰为“扬州市文明单位”。

中心以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，狠抓“基功”、苦练“内功”，以做好疾病预防和控制工作为神圣使命为动力，充分发挥自身技术设备优势，努力提高全市人民的健康水平，为描绘中国式现代化高邮健康画卷而不懈奋斗！