高邮市疾病预防控制中心是根据《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》、国务院体改办等部门《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》和卫生部《关于疾病预防控制体制改革的指导意见》，在原高邮市卫生防疫站、高邮市血吸虫病防治站基础上，经高邮市人民政府批准于2004年1月成立的副科级全民事业单位。

高邮市疾病预防控制中心行政上受高邮市卫计委领导、业务上接受江苏省疾病预防控制中心和扬州市疾病预防控制中心的指导，担负着全市16个乡（镇、区、街道）共83万人口的疾病预防控制、综合卫生监测、健康相关产品检验和从业人员预防性健康体检等工作。目前设有传染病防制、慢性病防制、综合卫生监测、血地寄防、门诊部、检验等六个业务科室和行政办公室、质量信息科两个职能科室。全中心在岗工作人员67人，其中业务人员58人，占86.6%。业务人员中大专以上学历48人，占71.6%。高级技术职称15人，中级技术职称18人，高、中级人员占业务人员比例为68.8%。现有固定资产1033.9万元，各种仪器设备246台，其中大型检验检测设备有1/10万电子天平1台、1/万电子天平2台、气相色谱仪2台、紫外分光光度计1台、原子吸收分光光度计2台、全自动酶联免疫系统、全自动生化分析仪、二氧化碳测定仪、一氧化碳测定仪、微波消解仪、离子色谱仪、原子荧光光度计、xγ测定仪、荧光显微镜等多种精密仪器。有业务用房6063m2，其中检验用房3447m2，恒温面积6063m2。实验室内部布局合理，设备性能优良，环境条件优越，素质较高的专业技术人员和良好的设备是我中心作为卫生检测单位出具具有法律效力报告的基础。